През 862г.-863г. - сключва съюз с Лудвиг Немски и преговаря с него за приемане на християнството в България от папата в Рим. За да разруши съюза, Византия в коалиция с Великоморавия и Хърватско през 863г. започва война срещу България. За Борис I тази война е неуспешна и това разклаща значително политическото господство на българите в среднодунавските земи. През есента на 863г. византийците в отговор на молбите на Ростислав нахлуват отново в българските земи. Заетите на запад български войски не могли да окажат сериозен отпор на Византия. Започват мирни преговори и в последствие е сключен мирен договор между България и Византия. Борис I се задължава да разтрогне съюза си с немския император и да се покръсти заедно с народа си. Но той се покръства само в близкото си обкръжение, почти тайно като приема християнското име Михаил от своя кръстник, византийския василевс Михаил III. Непосредствено след покръстването избухва бунт в средите на българските боляри. Техните основни опасения са от засилващото се византийско влияние. Борис I потушава бунта и заповядва да бъдат убити петдесет и двама боляри заедно с родовете им.